Esta biblioteca está dividida en dos edificios: el edificio nuevo, en el Largo da Porta Férrea y la Biblioteca Joanina, en el patio de la Universidad. Ofrece una extensa colección documental.
Colección compuesta por instrumentos para la observación astronómica e instrumentos de observación terrestre, procedentes de toda Europa; ocho decenas de mapas y gran formato estampados, muchos de ellos más de 200 años, adquirido en el momento de la jubilación. Esta colección fue restaurada recientemente por el Museo de la Fundación Calouste Gulbenkian.
La creación del Museo de anatomía patológica evoca a Pombal era. Después de un período problemático de la Universidad de Coimbra, en 1822, el Dr. Carlos José Pinheiro recoge las restantes piezas anatómicas de teatro anatómico y aumenta la colección de especímenes de la autopsia con y sin órganos, para estudio anatómico de la disección de cadáveres.Con el avance de la cirugía, el Museo se enriqueció con ejemplares de diversa patología, obtenidas de las autopsias, copias de los recién nacidos o fetos con anomalías y piezas todavía operativas de la cirugía.
Desde 1991 el Museo Antropológico es parte del Museo de Historia Natural de la Facultad de ciencia y tecnología. Los tiempos representados en las colecciones presentadas son de los siglos XVIII, XIX y XX, con la colección más temprana es probablemente el brasileño recogidos entre 1783 y 1792.
