L'Aquarium de Madère est installé dans une réplique du fort de São João Baptista et est composé de douze bassins d'exposition, représentant les différents habitats marins de l'archipel, avec différentes espèces de poissons et la recréation de divers environnements. Le réservoir central contient 500 000 litres d'eau salée, un plan d'eau imposant, semblable à celui de l'Océanarium de Lisbonne.