Esta biblioteca divide-se em dois edifícios: o edifício nova, no Largo da Porta Férrea e a Biblioteca Joanina, no Pátio da Universidade. Dispõe de um vasto acervo documental.

Coleção composta por instrumentos para observação astronómica e instrumentos para observação terrestre, provenientes de toda a Europa; oito dezenas de mapas e gravuras de grande formato, muitas delas com idades superiores a 200 anos, adquiridos aquando da Reforma. Este acervo foi recentemente restaurado pelo Serviço de Museu da Fundação Calouste Gulbenkian.

Museu apenas por marcação. A criação do Museu de Anatomia Patológica remonta à época Pombalina. Após um período conturbado da Universidade de Coimbra, em 1822, o Dr. Carlos José Pinheiro recolhe o que restava das peças anatómicas do Teatro Anatómico e aumenta a coleção de espécimes de autópsias com e sem órgãos, para estudo anatómico de dissecção de cadáveres.Com o avanço da cirurgia, o Museu foi-se enriquecendo com exemplares de patologia diversa, provenientes de autópsias, exemplares de recém-nascidos ou fetos com anomalias e ainda de peças operatórias de cirurgia.

Desde 1991 que o Museu Antropológico integra o Museu de História Natural da Faculdade de Ciências e Tecnologia. As épocas representadas nas coleções apresentadas são os séculos XVIII, XIX e XX, sendo que a coleção mais antiga é, provavelmente, a brasileira recolhida entre 1783 e 1792.