Esta basílica funerária situava-se junto da via romana que ligava Mértola a Beja. Este importante monumento foi parcialmente escavado nos finais do séc. XIX e dele retiradas algumas inscrições funerárias hoje recolhidas no Museu Nacional de Arqueologia em Lisboa. Atualmente funciona um museu onde se conservam as fundações e os pavimentos da antiga igreja. Neste núcleo museológico podem ser observadas estelas epigrafadas que constituem o mais importante conjunto de lápides funerárias de época paleocristã encontrado em Portugal.

A Casa Romana foi o primeiro núcleo museológico do Museu de Mértola a ser inaugurado em 1989. Situa-se na cave do edifício dos Paços do Concelho. Durante obras de reabilitação surgiram importantes vestígios arqueológicos correspondentes às fundações de uma casa romana (hoje é o núcleo-sede). Além das paredes do antigo edifício, onde se destaca parte do impluvium da casa, são expostos elementos arquitetónicos da época, epigrafia funerária, cerâmica e metais. Cada núcleo tem uma exposição permanente relacionada com a sua temática.

O antigo templo da Misericórdia de Mértola alberga o primeiro museu de arte sacra municipal. Este espaço, denominado Porta da Ribeira, dá a conhecer um inédito conjunto de imagens e alfaias litúrgicas de ermidas e capelas de culto popular. Aqui encontram-se reconstituídos os diferentes matizes do relacionamento da humanidade com os diversos referenciais do sagrado, com a exposição de arte sacra dos séculos XIV-XVIII, alfaias litúrgicas, incluindo cálices e cruzes processionais e tábuas pintadas.

O núcleo de Arte Islâmica foi inaugurado em 2001 e corresponde ao culminar de um trabalho de muitos anos não só em intervenções arqueológicas como no tratamento e estudo dos materiais do período islâmico. A coleção referente aos séculos IX-XIII é composta por elementos arquitetónicos, epigrafia funerária, cerâmica, metais (cobre e ligas de cobre, ferro e chumbo), osso trabalhado (onde se destacam artefactos diretamente relacionados como a tecelagem - torres de roca, cossoiros, agulhas) e objetos de vidro.

Uma das mais antigas artes tradicionais do Concelho de Mértola é a tecelagem de mantas de lã. Os seus motivos decorativos pertencem a uma antiga gramática ornamental que também encontramos em materiais cerâmicos utilizados em época islâmica. Na Cooperativa/Oficina de Tecelagem, três tecedeiras encarregam-se de fazer sobreviver esta tradição e manter vivo o ciclo completo da lã com técnicas artesanais: a cremação, a cardação, a fiação e a tecelagem. O principal produto é a manta de lã, mas também são tecidas mantas de retalhos reutilizando tecidos velhos, toalhas de linho e algodão, colchas de lã com urdidura de linho e …

A Forja do Ferreiro, inaugurada em junho de 2001, corresponde à musealização de uma antiga oficina de ferrador e de ferreiro. Trata-se de uma pequena oficina instalada nas imediações de uma das portas da vila. A forja terminou a sua atividade quando faleceu o seu proprietário, em meados dos anos oitenta do século XX, tendo sido posteriormente, adquirida pela Autarquia. Neste núcleo museológico é possível observar uma pequena parte do espólio representativo da atividade deste artesão.

O Museu do contrabando é uma pequena estrutura museológica que pretende, acima de tudo, perpetuar a memória da actividade do contrabando neste território raiano. Instalado no antigo posto da Guarda Fiscal de Santana de Cambas, pretende funcionar como local de registo e evocação das memórias de todos aqueles que fizeram do contrabando a actividade de sobrevivência da comunidade.

Inserido na torre de menagem do castelo, este núcleo museológico alberga alguns elementos arquitetónicos e de artesanato recolhidos na vila e nos arredores, atribuíveis a um período de transição entre os séculos VI e IX, na sala de armas coberta por uma abóbada de cruzaria de ogivas. Na sala superior, destaca-se um programa expositivo dedicado à história da própria fortaleza.

A Casa do Mineiro – Centro de Documentação é o primeiro pólo permanente do Museu da Mina de São Domingos. A sua construção foi o contributo inicial para a reconstrução e valorização da aldeia mineira. Associam-se neste espaço duas funcionalidades: a museográfica, com a recriação da Casa do Mineiro e a de recolha da memória, com a instalação do Centro de Documentação. A Casa do Mineiro mostra a realidade física do espaço de vivência de uma família mineira. Os objectos, as memórias, os símbolos e as carências estão nela representados. Acima de tudo, pretende provocar a imaginação e a sensibilidade …