Cette bibliothèque est divisée en deux bâtiments : le nouveau bâtiment, dans le Largo da Porta Férrea et la Biblioteca Joanina, dans la Cour de l'Université. Offre une vaste collection de documentaires.

Collection composée par les instruments pour l'observation astronomique et instruments d'observation terrestre, venant de toute l'Europe ; huit des dizaines de cartes et de grand format imprime, beaucoup d'entre eux plus de 200 ans, acquis au moment de la retraite. Cette collection a été récemment restaurée par le Musée de la Fondation Calouste Gulbenkian.

La création du Musée d'anatomie pathologique remonte à Pombal ère. Après une période troublée de l'Université de Coimbra, en 1822, Dr. Carlos José Pinheiro recueille les parties restantes de Théâtre anatomique anatomiques et augmente le prélèvement d'échantillons d'autopsie avec et sans organes, pour une étude anatomique de la dissection de cadavres.Avec l'avancement de la chirurgie, le Musée s'est enrichi avec des spécimens de pathologie diverses, obtenus à partir des autopsies, copies des nouveaux-nés ou des fœtus avec des anomalies et des pièces reste en vigueur de la chirurgie.

Depuis 1991, le musée anthropologique fait partie du Muséum d'histoire naturelle de la Faculté des sciences et de technologie. Les temps représentées dans les collections présentées sont les 18e, 19e et 20e siècles, avec la plus ancienne collection est probablement le brésilien recueillis entre 1783 et 1792.