El Acuario de Madeira está instalado en una réplica del Fuerte São João Baptista y está compuesto por doce tanques de exhibición, que representan los diferentes hábitats marinos del archipiélago, con diferentes especies de peces y la recreación de diversos ambientes. El tanque central contiene 500.000 litros de agua salada, una masa de agua imponente, similar a la del Oceanario de Lisboa.