O património deste museu tem uma curiosidade que o difere dos outros museus. É que todas as suas coleções são trabalhos elaborados durante o ensino e formação dos artistas e provas de concurso de docentes com vista ao avanço na carreira. Os melhores trabalhos são os representativos da melhor qualidade.

A igreja data do século XVI mas sofreu profundas modificações no período barroco, das quais se destaca a fachada de Nicolau Nasoni. Adjacente à igreja e sacristia, encontra-se a Galeria dos Benfeitores, belo exemplar da arquitetura do ferro onde se exibem valiosas pinturas, nomeadamente o célebre quadro flamengo "Fons Vitae". Exibe-se ainda ourivesaria sacra e civil dos séculos XVI a XX.

O Museu de História Natural faz parte da Faculdade Ciências da Universidade do Porto. Foi criado em 1996 e possui vários polos de outros núcleos museológicos de anteriores estabelecimentos. Este museu tem três salas abertas ao público, a Sala de Mineralogia Montenegro de Andrade, Sala de Paleontologia Wenceslau de Lima e a Sala de Arqueologia e Pré-História Mendes Côrrea.

Este é considerado um dos melhores pontos para apreciar o rio Tejo. Daqui abarca-se Alfama, a cúpula da Igreja de Santa Engrácia e a Igreja de Santo Estêvão. Realçam-se os dois painéis de azulejos que embelezam a muralha sul deste local.